Résistance aux antibiotiques

La résistance aux antibiotiques est la capacité d'un micro-organisme à résister aux effets des antibiotiques. C'est une des formes de pharmacorésistances.

Principe de la résistance aux antibiotiques

Staphylococcus croissant dans la lumière d'un cathéter, cause possible de maladie nosocomiale

Dans la nature, des bactéries disposent de nombreux mécanismes de résistance, plus ou moins efficaces contre des molécules toxiques auxquelles elles sont confrontées dans leur environnement (métaux lourds, substances antibiotiques sécrétés par les bactéries ou les champignons pour leur propre défense ; la plupart des molécules antibiotiques utilisées par la médecine est initialement issue des bactéries elles-mêmes ou de champignons ou en sont inspirées).

Via la sélection naturelle, des résistances peuvent aussi apparaître contre des molécules synthétiques industrielles et agroindustrielles, et affecter l'agriculture (culture de plantes ou de champignons), la santé animale (santé des animaux sauvages, d'élevage, d'aquaculture ou domestiques) et la santé publique^[1].
On suppose que le cas le plus fréquent est une adaptation, qui naît de mutations génétiques aléatoires, ou qui fait suite à des échanges de gènes de résistances entre des bactéries (transformation génétique, transduction). Les phénomènes impliqués sont souvent une modification de la perméabilité cellulaire face à la molécule, une activité enzymatique détruisant la molécule biocide ou l'entrée dans une phase de sporulation du microorganisme. Certaines bactéries stressées peuvent en outre spontanément échanger des gènes de résistances avec d'autres bactéries proches (échanges dits « horizontaux », car ne nécessitant pas de transmission descendante de mère à fille).

Si une bactérie est porteuse de plusieurs gènes de résistance pour différents antibiotiques, elle est dite « multirésistante ».

Souvent, la généralisation de la résistance au sein d'une population de bactéries peut être expliquée par la sélection naturelle, due à une exposition prolongée de cette population à l'antibiotique.

Peut être en raison de sa forte consommation de médicaments (en médecine humaine et vétérinaire), la France semble compter parmi les pays les plus touchés par ce problème^[2].

Histoire

De premières bactéries résistantes aux antibiotiques ont en fait été identifiées dès les années 1940^[3], mais comme de nouveaux antibiotiques étaient alors régulièrement découverts, à un rythme soutenu, l'antibiorésistance n'a pas, dans ce premier temps, attiré l'attention du public ou de l'industrie pharmaceutique. Le tableau suivant indique les dates d'introduction des grandes familles d'antibiotiques dans l'arsenal thérapeutique et les dates d'apparition des premières résistances sur des souches cliniques^[4].

Antibiotique	Année d'introduction	Apparition des premières résistances
Sulfamides	1936	1940
Pénicilline G	1943	1946
Streptomycine	1943	1959
Chloramphénicol	1947	1959
Tétracycline	1948	1953
Erythromycine	1952	1988
Ampicilline	1961	1973
Ciprofloxacine^[5]	1987	2006

À la fin du XX^e siècle, le consensus existait sur le fait que les impacts de l'usage excessif d'antibiotiques, aggravés par la rareté des nouveaux médicaments mis sur le marché pouvaient induire un risque de crise sanitaire mondiale à moyen ou long terme pour certaines maladies^[3].

L'utilisation abusive de ces médicaments en médecine ne fait plus de doute, mais l'utilisation de grandes quantités d'antibiotiques dans l'alimentation animale est passée longtemps inaperçue comme cause d'antibiorésistance. Les antibiotiques sont massivement utilisés, de manière moins réglementée par les éleveurs et pisciculteurs, en actions thérapeutique et prophylactique, et de façon plus controversée comme facteurs de croissance et de gain de masse corporelle^[3].

Il existe un double risque de transmission croissante de bactéries résistantes aux éleveurs et aux consommateurs de viande via la chaîne alimentaire^[3]. Les épandages de lisiers et fumiers pourraient ainsi également poser problème.

L'OMS a officiellement invité (en 2003) les éleveurs à ne pas utiliser d'antibiotiques comme facteurs de croissance et à en user prudemment en thérapeutique^[6], mais c'est dans l'Union européenne que la question a d'abord été évoquée, et que la réglementation a commencé à freiner cette tendance^[7], avec notamment 5 promoteurs de croissance (zinc bacitracine, spiramycine, tylosine, virginiamycine et olaquindox) interdits dans l'alimentation animale dans l'UE à partir de 1999^[8].
Des moyens d'analyse de l'alimentation animale, plus rapides et moins chers, sont à l'étude^[8].

La résistance croisée entre biocides et agents antimicrobiens (dont ciblant la paroi cellulaire et la membrane cellulaire des bactéries) est considérée comme l'OIE comme une question émergente^[1].

Causes de la résistance aux antibiotiques

La résistance aux antibiotiques est aussi ancienne que les antibiotiques eux-mêmes et pour partie antérieure à leur utilisation par l'Homme.

Une fraction importante des antibiotiques connus sont en effet des composés naturels produits par des micro-organismes. Ainsi, de nombreux antibiotiques sont fabriqués par des bactéries de la famille des actynomycètes, comme la streptomycine qui est produite par Streptomyces griseus.
La sécrétion d'antibiotiques (contre laquelle la bactérie doit donc résister) est aussi une stratégie développée par certaines bactéries pour éliminer leurs compétitrices de leur environnement. Ces bactéries productrices d'antibiotiques ont développé plusieurs enzymes leur permettant de résister à la molécule qu'elles produisent, afin de ne pas en être elles-mêmes les victimes : ces micro-organismes fabriquent en même temps le poison et l'antidote. Par transfert entre bactéries, les gènes codant ces enzymes de résistance peuvent se propager et transmettre la capacité de résistance à d'autres espèces, ce qui est observé dans l'environnement.

De manière générale, la résistance aux antibiotiques résulte d'une évolution par sélection naturelle, les antibiotiques exerçant une pression sélective très forte, en éliminant les bactéries sensibles. Les bactéries présentant une mutation leur permettant d'y survivre continuent à se reproduire, en transmettant à leur descendance leurs gènes de résistance, produisant rapidement une génération de bactéries pleinement ou majoritairement résistantes.

Ces processus semblent cependant s'être accélérés dans l'espace et le temps, avec plusieurs explications possibles et complémentaires :

l'utilisation massive des antibiotiques par l'Homme, dans la deuxième moitié du XX^e siècle a exposé un grand nombre de bactéries, pathogènes notamment, à des antibiotiques. Diverses études ont démontré que le mode d'utilisation des antibiotiques comme phytopharmaceutiques sur des plantes, comme adjuvant alimentaire ou médicament chez les animaux d'élevage, et comme médicament chez l'Homme, influent fortement sur le nombre d'organismes résistants qui se développent. Une utilisation excessive des antibiotiques à large spectre, comme la deuxième et troisième génération de céphalosporine, entraîne une résistance à la méticilline, même si les organismes n'ont jamais été directement exposés à la pression sélective de la méticilline ;
L'utilisation d'antibiotique en préventif chez l'animal est régulièrement cité, mais les preuves manquent et cette pratique ne peut être mise en cause dans tous les cas^[9];
les diagnostics incorrects suivis d'antibiothérapies ont contribué à ce phénomène ;
les prescriptions abusives ou de précaution sont une autre source de risque ;
l'utilisation inappropriée d'antibiotiques par les patients eux-mêmes ;
enfin, l'utilisation abusive, dénoncée ou mesurée dès les années 1970 d'antibiotiques par des éleveurs^[10] (volailles^[11], porcs^[12]) ou des cultivateurs, par exemple en complément alimentaire pour une croissance accélérée des animaux d'élevage^[13], ou pour lutter contre le feu bactérien ont encore favorisé la diffusion de mécanismes bactériens d'antibiorésistance. Dès les années 1980 on a montré que ces antibiotiques pouvaient affecter les consommateurs^[14], dont en favorisant des souches de bactéries antibiorésistantes^[15]^,^[16], les animaux de ferme pouvant alors devenir des réservoirs de bactéries résistantes^[17] ;
l'usage massif et parfois inapproprié de biocides industriels ou domestiques, chimiquement proches ou identiques à certains antibiotiques ou désinfectants hospitaliers et domestiques est un autre facteur de risque ;
La circulation dans l'espace (via la mondialisation et l'accélération des transports) de souches antibiorésistantes dans la nature, dans les élevages et entre les animaux et l'homme ou inversement^[1] ; avec transfert de l'antibiorésistance à l'homme via certains aliments^[1].
Effets sublétaux de certains produits chimiques sur les bactéries ; Ainsi selon une étude publiée^[18] en 2015 des herbicides chimiques, et notamment le glyphosate, en présence de certains antibiotiques peuvent favoriser des phénomènes d’antibiorésistances (dont éventuellement chez des pathogènes alimentaires)^[19]. De même pour l’acide salicylique (moléculairement proche de certains herbicides)^[20]^,^[21]^,^[22]^,^[23]^,^[24]. Les auteurs précisent que « la concentration en herbicide nécessaire pour induire une réponse détectable aux antibiotiques était inférieure à la concentration spécifiée pour l'application de ces herbicides par les étiquettes »^[18] et soulignent que « des expositions environnementales suffisantes se produisent donc dans les milieux urbains et agricoles, ainsi potentiellement que dans les voies navigables » ou les cours d'eau où des résidus d'antibiotiques^[25] et des herbicides sont fréquemment détectés, ce qui pourrait créer des conditions permettant une réponse altérée des bactéries aux antibiotiques, induite par l'exposition à des herbicides^[18]. Parmi les insectes l'abeille domestique dont les ruches sont prophylactiquement traitées par des antibiotiques^[26] sont notamment et directement concernées^[18]. De plus, un effet synergique a été constaté chez des bactéries expérimentalement exposées à 2 différents facteurs promouvant son antibiorésistance (ex : acide salicylique + dicamba) ; les auteurs n’excluent donc pas un effet additif des diverses substances ingérées (effet que le protocole de cette étude ne prévoyait pas d’évaluer)^[18]. Cette situation peut se présenter en cas d'épandage agricoles ; (« en présence de ces herbicides, une concentration donnée d’un antibiotique peut donc s’avérer assez élevée pour permettre l’émergence de résistances »^[18], alors que les fumiers et lisiers contiennent de nombreux résidus d’antibiotiques et de manière déjà démontrée des pathogènes antibiorésistants^[27] et que les taux d’herbicides qui se sont expérimentalement montrés suffisant pour modifient le MIC sont de l’ordre de celles retrouvées dans un tel environnement)^[18]. Les auteurs s'inquiètent aussi du fait que du glyphosate ou ses résidus sont fréquemment trouvés dans le corps humain ou d'animaux^[28]. Ils alertent efnin sur le fait que l'utilisation croisée de certains herbicides et d'antibiotiques dans l'environnement d'animaux de ferme et d'insectes tels que les abeilles pourrait aussi compromettre leurs effets thérapeutiques et secondairement conduire à une utilisation croissante d'antibiotiques^[18].

L'observation en 2009, d'une tribu de chasseurs-cueilleurs Yanomami de la jungle amazonienne ouvre vers un autre axe de recherche, le microbiome. Cette tribu qui n'est pas supposée avoir jamais absorbé de médicament ou de viande provenant d'animaux traités par antibiotiques, présente des gènes de résistance aux antibiotiques trente fois supérieurs aux cas témoins (communautés rurales du Venezuela et du Malawi)^[29].

Mécanismes de la résistance aux antibiotiques

Rifampicine fixée à sa cible, l'ARN polymérase bactérienne. La surface de l'enzyme est indiquée en vert. Les mutations conférant la résistance à la rifampicine correspondent aux acides aminés en rouge

La résistance aux antibiotiques peut intervenir par le biais d'un ensemble de mécanismes non exclusifs :

la mutation de la cible de l'antibiotique. Chaque antibiotique agit en se fixant sur une cible précise dans la cellule : paroi, ribosome... La présence d'une modification consécutive à une mutation modifie le site de fixation et empêche ainsi la liaison de l'antibiotique. C'est un des mécanismes de résistance à la streptomycine, l'un des premiers antibiotiques utilisés pour traiter la tuberculose ;
la modification de la cible de l'antibiotique. Une enzyme spécifique effectue une modification chimique covalente de la cible, par exemple une méthylation, ce qui inhibe la fixation de l'antibiotique, comme dans le cas précédent, mais sans qu'il y ait altération du génome. Ce type de mécanisme est rencontré dans la résistance aux macrolides, où il existe une méthylase qui confère la résistance en modifiant l'ARN ribosomique au niveau du site de liaison de l'antibiotique ;
la sur-expression de la cible de l'antibiotique. En produisant davantage de la macromolécule ciblée, la bactérie arrive à maintenir suffisamment d'activité biologique pour se développer, malgré la présence de l'antibiotique ;
la modification de l'antibiotique. De nombreuses souches résistantes fabriquent une enzyme qui modifie ou qui clive la molécule d'antibiotique, la rendant inactive. C'est le mécanisme principal de résistance aux β-lactamines^[30] (famille de la pénicilline et des céphalosporines) qui implique les enzymes de la famille des β-lactamases ;
la réduction de la perméabilité membranaire. La bactérie « ferme » les pores par lesquels l'antibiotique pénètre dans la cellule. Ces pores sont normalement constitués par des protéines qui forment de canaux et que l'on appelle des porines. Les bactéries résistantes réduisent leur nombre de porines ;
l'efflux des antibiotiques. Les bactéries sont capables d'éliminer les antibiotiques par pompage actif hors de la cellule, qui « recrache » littéralement les composés toxiques au dehors. C'est l'un des principaux mécanismes de résistance de Pseudomonas aeruginosa, pathogène opportuniste responsable de nombreuses infections nosocomiales ;
défense altruiste. Des bactéries très résistantes sont capables de synthétiser l’indole en très grande quantité pour subvenir aux besoins des bactéries sensibles. Ce composé organique possède une double fonction de résistance : efflux des antibiotiques et activation d’une voie métabolique empêchant la synthèse de radicaux libres qui peut être favorisée par l’antibiotique^[31].

Mécanismes moléculaires de la résistance aux antibiotiques

Article détaillé : [[Amplification génique et résistance aux antibiotiques]].

Les bactéries peuvent s´adapter à la toxicité d´un antibiotique grâce à une grande batterie de mécanismes résultant soit de mutations ponctuelles ou bien d´un transfert horizontal de gènes. Par exemple, la résistance aux β-lactamines est due à une β-lactamase qui hydrolyse la pénicilline et la céphalosporine. La résistance à de nouveaux antibiotiques de type β-lactamine est principalement due à des mutations au sein des β-lactamases augmentant leur spectre de substrat. La résistance est également associée avec une amplification génique conférant la résistance aux antibiotiques.

La sporulation ou encore la création de biofilms résistants aux antibiotiques et parfois à de nombreux agents nettoyants sont d'autres stratégies, maintenant considérées comme mécanisme de résistance intrinsèque résultant de physiologique (phénotypique) d'adaptation des cellules^[32].

Micro-organismes pathogènes résistants

Staphylococcus aureus (couramment appelé « Staphylocoque doré ») est l'un des micro-organismes pathogènes offrant le plus de résistance. Il se développe sur les muqueuses et la peau d'environ un tiers de la population, et il s'adapte très rapidement à la pression sélective des antibiotiques. Ce fut la première bactérie à présenter une résistance à la pénicilline -- dès 1947, soit cinq ans après le début de la production de masse de cet antibiotique. La méticilline était alors l'antibiotique de choix. Le SARM (Staphylococcus aureus résistant à la méticilline) a été découvert en 1961 en Grande-Bretagne.

Le SARM est désormais assez courant en milieu hospitalier : il était responsable de 37 % des cas fatals de septicémie au Royaume-Uni en 1999, soit 4 % de plus qu'en 1991. La moitié de tous les staphylocoques dorés aux États-Unis sont résistants à la pénicilline, la méticilline, la tétracycline et l'érythromycine.

La vancomycine est l'antibiotique qui reste efficace dans ce cas pour l'instant. Une nouvelle classe d'antibiotiques, les oxazolidinones, est disponible depuis les années 1990 et la première application commerciale, le linézolide, est comparable à la vancomycine pour son efficacité contre le SARM^{[réf. souhaitée]}.

Toutefois, un VRSA (Staphylococcus aureus résistant à la vancomycine) a été identifié en 1997 au Japon et a été trouvé depuis dans des hôpitaux en Angleterre, France et États-Unis. Le VRSA est aussi désigné sous le terme « GISA » (glycopeptide intermediate Staphylococcus aureus) ou « VISA » (vancomycin intermediate Staphylococcus aureus), indiquant une résistance à tous les antibiotiques glycopeptidiques.

Enterococcus faecium est une autre bactérie multirésistante trouvée en milieu hospitalier^[33] : résistance à la pénicilline en 1983, à la vancomycine en 1987 et au linezolide à la fin des années 1990.

Des pneumonies résistantes à la pénicilline ont été détectées depuis 1967, comme la gonorrhée résistante à la pénicilline. La résistance aux substituts de la pénicilline ne se limite pas aux staphylocoques dorés.

Depuis 1993, Escherichia coli est résistante à 5 variantes de quinolones. Mycobacterium tuberculosis est couramment résistant à l'isoniazide et à la rifampicine et parfois complètement résistant aux traitements courants.

D'autres pathogènes offrent certaines résistances comme Salmonella, Campylobacter, et Streptococcus.

En 2009 une entérobactérie produisant une enzyme de type « New Delhi métallo-bêta-lactamase » (et dénommée NDM-1), est identifiée pour la première fois chez un patient suédois ayant été hospitalisé en Inde^[34]^,^[33].

Situation dans le monde

Nombre de décès et coût économique

D'après les données vu CEPMC et du CDC, il a été estimé que la résistance aux antibiotiques avait causé 25 000 morts en Europe en 2007^[35] et plus de 23 000 aux États-Unis en 2013^[35], causant également ces mêmes années un coût de 1,5 milliard d'euros en Europe^[35] et 20 milliards États-Unis^[35]^,^[36]. Un rapport de la commission d'experts mise en place par le premier ministre britannique chiffre à 700 000 morts dans le monde pour l'année 2014 (estimation la plus basse)^[37]. Cette commission a effectué deux projections de scénario allant de 2014 à 2050^[37] :

taux de résistance aux antibiotiques de 100 % (échecs de tous les médicaments) d'ici quinze ans avec taux constant d'infection ;
augmentation du taux de résistance aux antibiotiques de 40 % par rapport au taux actuel et doublement des taux d'infection.

300 millions de personnes décéderaient alors prématurément d'ici 2050 et le coût économique sur ces trente-cinq années serait compris entre 60 et 100 trillions de dollars^[38]^,^[39]^,^[40].

Situation en Europe

En Europe, un Système de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (EARSS) est en place depuis 1999 pour sept bactéries pathogènes pour l’homme et dont la résistance aux antibiotiques est en progression (Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis^[33], Enterococcus faecium^[33], Escherichia coli, Klebsiella pneumonia et Pseudomonas aeruginosa), et pour 20 combinaisons germe/antibactérien. Il analyse les cas, et assiste les plans de surveillance nationaux pour notamment adapter les thérapeutiques aux contextes locaux.
E. coli semble de plus en plus résistante, dans toute l’Europe, notamment aux aminopénicillines (de 32 à 78 % des bactéries y résistent selon les pays de l' UE et ce taux continue à croître dans les années 2000. La résistance aux quinolones gagne aussi du terrain, et plus vite que pour tous les autres couples bactérie/antibactérien suivis par l'EARSS. Un recul des résistances des staphylocoques dorés à la méticilline est néanmoins observé^[41].

Situation en France, mesures prises

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La France compte parmi les pays les plus consommateurs de médicaments, et l'agriculture et l'élevage y tiennent une place très importante. L'antibiorésistance y est devenue un problème majeur, tant en termes de santé humaine qu'animale, avec l'émergence et la diffusion croissante de souches de bactéries de plus en plus résistantes aux antibiotiques^[2].
Certaines émergences conduisent à des impasses thérapeutiques ou à des situations dramatiques dans le traitement de certaines infections graves : « (...) la France détient, en Europe, le record du taux de résistance aux antibiotiques, soit 50 % pour la pénicilline et 28 % pour la méticilline utilisées respectivement contre le pneumocoque et le staphylocoque doré, qui constituent les principales bactéries à l'origine des infections nosocomiales^[42]. »
Cette résistance aux antibiotiques croît vite. Dans la dernière étude, « la fréquence des résistances des germes isolés à certains antibiotiques était particulièrement élevée : 64 % des Staphylococcus aureus étaient résistants à la méticilline. Lors de l'enquête en 1996, cette fréquence était de 57 %. ...
Lors de l'enquête, un patient hospitalisé sur 6 recevait un antibiotique ; la large utilisation de certains antibiotiques (fluoroquinolones) fait craindre le développement encore accru de résistances. »

Chez l'être humain

Chez l'être humain, cette résistance aux antibiotiques « est un des sujets les plus préoccupants en médecine actuellement puisqu'elle s'est développée très rapidement (ces dernières décennies) de par le monde et qu'aucune classe nouvelle d'antibiotique n'est attendue dans les prochaines années^[43]. »
Les sensibilités aux antibiotiques des bactéries avaient les caractéristiques suivantes :

pour le S. aureus : 20 % résistants à la méticilline et sensibles à la gentamicine ; sensibilité à la méticilline plus importante qu'en 2002 (52,6 % seulement en 2002, contre 69 % en 2004 pour les bactériémies nosocomiales)
pour les entérocoques : bonne sensibilité à l'ampicilline (environ 10 % de résistance)
pour Escherichia coli (E. coli) : environ 47 % résistants à l'ampicilline mais sensibles à la céfotaxime^[44].

Chez les animaux

La plupart des pathogènes pour les humains ont un réservoir ou une origine chez les animaux, et la promiscuité ainsi que l'absence de diversité génétique des élevages industriels intensifs offrent des conditions idéales à l'apparition rapide et à la diffusion de pathogènes antibiorésistants. De même qu'avec le rapprochement OMS-OIE au niveau de l'ONU, l'épidémiologie humaine tend à se rapprocher des sciences vétérinaires et de l'écoépidémiologie^[45].

Réactions institutionnelles

En 1997 est fondé l’Observatoire National de l’Épidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques (ONERBA^[46]) qui fédère en 2010 quinze réseaux de microbiologistes^[47].
Des décisions ont été prises en juin 2003 et juillet 2005 par l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (Afssaps) pour « maîtriser, dans le respect du bon usage du médicament, le risque de résistance bactérienne au niveau collectif^[48]. »
Un réseau d'épidémiosurveillance vétérinaire dit « Résabo » a été créé en 1982 pour le suivi des bactéries résistantes chez les bovins.
Le réseau Résabo a été élargi en 2001 au porc et à la volaille, puis renommé Résapath et progressivement étendu à partir de 2007 à la surveillance de l'antibiorésistance chez d'autres espèces d'élevages, dont bovins, porcs et volailles, mais aussi les ovins, caprins et carnivores domestiques (chiens, chats), des animaux chassés (certains pathogènes de quelques sangliers ont été étudiés^[45]) et animaux de parcs zoologiques^[49]^,^[45]. Ce réseau coanimé depuis 2004 par 2 laboratoires de l'Anses (Laboratoire de Lyon et Laboratoire de Ploufragan-Plouzané) coordonne divers laboratoires départementaux adhérents (privés et publics) sur les aspects microbiologiques et épidémiologiques. Il produit des formations, organise des essais inter-laboratoires, des référentiels, des avis et conseils, observer les émergences et cherche à en élucider les mécanismes moléculaires. Ce réseau fait partie de l'ONERBA, ce qui devrait à terme permettre de mieux travailler sur le lien animal-Homme en connectant mieux les approches d'épidémiologie humaine et vétérinaire et l'écoépidémiologie des pathogènes concernés par l'antibiorésistance.
L'ANSES organise chaque année (à l'occasion de la « journée européenne d'information sur les antibiotiques ») une journée sur l’antibiorésistance animale^[50]. Parallèlement au plan Ecophyto 2018 existe un « Plan national de réduction des risques d’antibiorésistance chez l’animal » (EcoAntibio2017), mise en œuvre par le ministère chargé de l'Agriculture qui semble avoir permis en 2011 « de premiers progrès, notamment dans l'exposition des animaux aux antibiotiques (...) cependant, les données recueillies via ces outils confirment également les inquiétudes déjà soulevées par le passé par l'Agence vis-à-vis de l'utilisation encore trop importante, mais en nette régression dans certaines filières, des familles d'antibiotiques considérées comme critiques pour la santé humaine (céphalosporines de dernières génération et fluoroquinolones). Les efforts engagés depuis quelques années restent ainsi à poursuivre^[45]. »
Depuis 2010 (date de sa création), l'ANSES travaille avec l'INRA et divers chercheurs européens pour mieux comprendre et éventuellement déjouer les mécanismes de résistance bactérienne, de transmission de bactéries entre animaux, ou encore les modalités d'une possible transmission de bactéries résistantes de l'animal à l'homme et vice-versa^[51], notamment pour de nouvelles émergences telles que des mycoplasmes antibiorésistants chez les bovins^[45].
En novembre 2012, le Centre d'analyse stratégique publie un rapport sur les bactéries résistantes^[52] préconisant un réseau mondial de surveillance, un encadrement des prescripteurs par profilage, conseil, et outils d'aide à la prescription, et des interdictions réglementaires.
Entre 2002 et 2012, il y a eu une baisse globale de 9 % des ventes d'antibiotiques mais la France reste le premier pays européen consommateur d'antibiotiques, avec un marché supérieur de 30 % par rapport à la moyenne observée. De plus, depuis 2005 la consommation des antibiotiques est en hausse de 3 %. Plus que la virulence des épidémies hivernales, ce serait le vieillissement de la population qui en serait une des causes principales^[53].

Alternatives à la prescription d'antibiotiques

Hygiène

La mise en isolement des patients porteurs de bacilles multirésistants, avec mesures strictes d'hygiène, fait partie du traitement de base de ces affections.

Le renforcement des techniques d'hygiène, telles que l'utilisation de matériaux à usage unique, le lavage des mains itératif suivant des protocoles bien établis ou l'utilisation de solutions hydro-alcooliques, permettent une moindre dissémination de ces germes.

Traitements antiviraux

En fait les antibiotiques ne sont pas efficaces contre les maladies d'origine virale, alors qu'ils continuent à être prescrits de façon massive dans ce cas, pour lesquels des traitements antiviraux sont appropriés.

En France, les campagnes du Ministère de la Santé et de l'Assurance Maladie, « Les antibiotiques, c'est pas automatique », ont commencé à faire des effets, mais qui n'ont pas encore permis une réduction très forte des prescriptions à la fois inutiles et nuisibles d'antibiotiques dans ces cas précis.

Vaccins

Les vaccins ne présentent, jusqu'à ce jour, pas de résistance tel qu'on le comprend pour les antibiotiques. Alors que théoriquement prometteurs, les vaccins anti-staphylocoques ont montré des limites d'efficacité à cause des variations génétiques chez les espèces de Staphylococcus et la durée limitée d'efficacité des anticorps produits. Le développement et le test de vaccins plus efficaces est en cours...

Thérapie génique

La thérapie génique est une alternative plus récente qui pourrait résoudre les problèmes de résistance.^[Comment ?]

Phagothérapie

La phagothérapie est l'utilisation de bactériophages (ou phages) lytiques, virus n’attaquant que les bactéries, afin de traiter certaines maladies infectieuses d’origine bactérienne. Ce traitement a été largement utilisé dans le monde avant la découverte des antibiotiques. Bien qu’elle ait été progressivement abandonnée par les pays occidentaux séduits par les avantages de l’antibiothérapie, la phagothérapie traditionnelle est toujours employée et développée dans les pays de l'ancienne Union Soviétique^[54].

Mais depuis environ une décennie, l’utilisation des bactériophages est reconsidérée dans de nombreux pays devant le double constat du développement inquiétant des infections nosocomiales à bactéries multirésistantes et l’absence de nouveaux antibiotiques efficaces. Le début de ce renouveau d'intérêt de l'Occident pour les phages peut être situé en 1994, lorsqu’il a été démontré (dans un modèle animal) que l'utilisation de phages pouvait améliorer le succès des greffes de peau en réduisant l'infection sous-jacente par Pseudomonas aeruginosa. De nombreuses études récentes ont apporté des éléments complémentaires à l'appui de ces résultats^[54].

En 2012, la DGA, Direction Générale de l’Armement^[55] , ainsi que l'Institut Pasteur en collaboration avec l'association Phagespoirs, ont engagé plusieurs programmes de recherche visant à démontrer l'efficacité de cette technologie.

Nouvelle piste de travail

Selon des expériences faites sur des souris aux États-Unis, l’ajout de sucre à la formulation de certains antibiotiques pourrait faciliter leur pénétration à l'intérieur de cellules bactériennes, qui sans cela entreraient en antibiorésistance, en se mettant en stase de quiescence^[56].

Notes et références

1 2 3 4 OIE. « L’antibiorésistance en santé animale et en santé publique » Revue scientifique et technique avril 2012;31(1).
1 2 Lévi Y (2006) Inquiétudes sur la présence d’antibiotiques et de bactéries antibiorésistantes dans les eaux. Environnement, Risques & Santé, 5(4), 261-265 (résumé)
1 2 3 4 (en) Randall S Singer, Roger Finch, Henrik C Wegener, Robin Bywater, John Walters, Marc Lipsitch. « Antibiotic resistance—the interplay between antibiotic use in animals and human beings » The Lancet Infectious Diseases, Volume 3, Issue 1, January 2003, Pages 47-51 (Résumé)
↑ (en) Stephen R. Palumbi, « Humans as the world's greatest evolutionary force », Science, vol. 293,‎ 2001, p. 1786-1790 (PMID 11546863)
↑ (en) A. Robiczek, G.A. Jacoby et D.C. Hooper, « The worldwide emergence of plasmid-mediated quinolone resistance », Lancet Infect Dis., vol. 6,‎ 2006, p. 629-640
↑ (en) Clare Kapp « WHO urges farmers to cut use of antibiotic growth agents » Lancet 2003;362(9384):626. PMID 12947946 DOI:10.1016/S0140-6736(03)14200-6.
↑ (en) Editorial « The European ban on antibiotic growth promoters in animal feed: From challenges to opportunities » Vet J. 2011;187(2):143-144. PMID 20627781 DOI:10.1016/j.tvjl.2010.05.001
1 2 (en) C. Situ, E. Grutters, P. van Wichen, C.T. Elliott. « A collaborative trial to evaluate the performance of a multi-antibiotic enzyme-linked immunosorbent assay for screening five banned antimicrobial growth promoters in animal feedingstuffs » Analytica Chimica Acta. 2006;561(1-2):62-8. (Résumé)
↑ http://sante.lefigaro.fr/actualite/2013/09/13/21260-resistance-antibiotiques-animaux-dedouanes
↑ (en) Report to the Commissioner of the Food and Drug Administration by the FDA Task Force. The use of antibiotics in animal feeds. Rockville, Maryland: U.S. Government Printing Office, 1972.
↑ (en) Hays VW. The Hays Report; Effectiveness of feed additive usage of antibacterial agents in swine and poultry production. Long Beach, California: Rachelle Lab.
↑ (en) John F. Prescott « Antibiotics: Miracle drugs or pig food? » CaanVet. Vol 38 Dec 1997
↑ A. Chevance, G. Moulin et Claire Chauvin, « Suivi des ventes de médicaments vétérinaires contenant des antibiotiques en France en 2006 » [PDF] langue=fr (consulté le 9 décembre 2014)
↑ (en) National Research Council. « The effects on human health of subtherapeutic use of antimicrobials in animal feeds » Washington, DC: National Acad Pr. 1980.
↑ (en) Corpet, D., « Antibiotic resistance from food », NEJM, Inserm, vol. 318, n^o 18,‎ mai 1988, p. 1206 (PMID 2814222)
↑ (en) U.S. Congress, Office of Technology Assessment. Washington, DC: U.S. Government Printing Office, « Impacts of Antibiotic-Resistant Bacteria - 9503.pdf » [PDF],‎ 1995 (consulté le 9 décembre 2014)
↑ (en) Bates, J., Jordens, ZJ. et Griffiths, DT., « Farm animals as a putative reservoir for vancomycin-resistant enterococcal infection in man », Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Br Soc Antimicob Chemo, vol. 34, n^o 4,‎ 1994, p. 507-514 (lire en ligne [PDF])
1 2 3 4 5 6 7 8 Brigitta Kurenbacha, Delphine Marjoshia, Carlos F., Amábile-Cuevas, Gayle C. Ferguson, William Godsoe, Paddy Gibson et Jack A. Heinemann (2015) « [http://mbio.asm.org/content/6/2/e00009-15.full.pdf Sublethal Exposure to Commercial Formulations of the Herbicides Dicamba, 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid, and Glyphosate Cause Changes in Antibiotic Susceptibility in Escherichia coli and Salmonella enterica serovar Typhimurium »], doi: 10.1128/mBio.00009-15 24 March 2015 mBio vol. 6 no. 2 e00009-15
↑ Loury Romain (2015) « Glyphosate: après le cancer, l’antibiorésistance ; Un problème aggravé par certains pesticides », article publié par le Journal de l’environnement le 26 mars 2015
↑ Rosner JL (1985) Nonheritable resistance to chloramphenicol and other antibiotics induced bysalicylates and other chemotactic repellents in Escherichia coli K-12. Proc Natl Acad Sc iUSA 82: 8771–8774. http:// dx.doi.org/10.1073/pnas.82.24.8771
↑ Cohen SP, Levy SB, Foulds J, Rosner JL (1993) Salicylate induction of antibiotic resistance in Escherichia coli : activation of the mar operon and a mar-independent pathway. J Bacteriol 175: 7856–7862.
↑ Price CT, Lee IR, Gustafson JE (2000) The effects of salicylate on bacteria. Int J Biochem Cell Biol 32: 1029–1043. http://dx.doi.org/10.1016/S1357 -2725(00)00042-X
↑ Aumercier M, Murray DM, Rosner JL . (1990) Potentiation of susceptibility to aminoglycosides by salicylate in Escherichia coli. Antimicrob Agents Chemother 34: 786–791. http://dx.doi.org/10.1128/AAC.34.5.786
↑ Hartog E, Menashe O, Kler E & Yaron S (2010) Salicylate reduces the antimicrobial activity of ciprofloxacin against extracellular Salmonella enterica serovar typhimurium, but not against Salmonella in macrophages. J Antimicrob Chemother 65: 888–896. http://dx.doi.org/10.1093/jac/ dkq077
↑ Yang Y, Li B, Zou S, Fang HH , Zhang T . (2014) Fate of antibiotic resistance genes in sewage treatment plant revealed by metagenomic approach. Water Res 62: 97–106. http://dx.doi.org/10.1016/j.watres.2014.05.019 .
↑ Evans JD . (2003) Diverse origins of tetracycline resistance in the honey bee bacterial pathogen Paenibacillus larvae. J Invertebr Pathol 83: 46–50. http://dx.doi.org/10.1016/S0022-2011(03)00039-9
↑ Ahmad A, Ghosh A, Schal C, Zurek L . 2011. Insects in confined swine operations carry a large antibiotic resistant and potentially virulent enterococcal community. BMC Microbiol 11: 23. http://dx.doi.org/10.1186/ 1471-2180-11-23
↑ Krüger M, Schledorn P, Schrödl W, Hoppe H.-W, Lutz W, Shehata AA (2014) Detection of glyphosate residues in animals and humans. J Environ Anal Toxicol4:1–5. http://dx.doi.org/10.4172/2161-0525.1000210.
↑ Jose C. Clemente, Erica C. Pehrsson, Martin J. Blaser, Kuldip Sandhu, Zhan Gao, Bin Wang, Magda Magris, Glida Hidalgo, Monica Contreras, Óscar Noya-Alarcón, Orlana Lander, Jeremy McDonald, Mike Cox, Jens Walter, Phaik Lyn Oh, Jean F. Ruiz, Selena Rodriguez, Nan Shen, Se Jin Song, Jessica Metcalf, Rob Knight, Gautam Dantas, M. Gloria Dominguez-Bello, The microbiome of uncontacted Amerindians . Science Advances, 17 avil 2015:Vol. 1 no. 3 e1500183, DOI: 10.1126/sciadv.1500183lire en ligne et recension sur le site de Sciences et Avenir
↑ CHUPS - Résistances aux ß-lactamines - Service de Bactériologie-Hygiène du CHU Pitié-Salpêtrière
↑ (en) Hyun Youk et Alexander van Oudenaarden, « Microbiology: Altruistic defence », Nature, n^o 467,‎ 2 septembre 2010, p. 34-35 (lire en ligne)
↑ (en) Russell AD. « Bacterial resistance to disinfectants: present knowledge and future problems » J Hosp Infect. 1999;43 Suppl:S57-68 (résumé)
1 2 3 4 « Grande-Bretagne : une nouvelle sorte de bactéries résistantes à la plupart des antibiotiques commence à se propager Outre-Manche », RTS Info, université de Cardiff, Radio télévision suisse « 19:30 le journal » « Bactéries ultrarésistantes »,‎ 12 août 2010 (lire en ligne [vidéo])
Interventions récurrentes du professeur Stephan Harbarth, MD, MS, infectiologue attaché au service « prévention et contrôle de l'infection » (PCI ) des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG ).
↑ « Une bactérie ultra-résistante venue de l'Inde » Par L'EXPRESS.fr avec AFP, publié le 11/08/2010
1 2 3 4 (en) OMS, « Human Infection with a Novel Avian-Origin Influenza A (H7N9) Virus » [PDF],‎ 2014 (consulté le 16 décembre 2014), p. 14
↑ (en) OMS, « Antimicrobial Resistance : Global Report on Surveillance » [PDF] (consulté le 16 décembre 2014), XIX
1 2 (en) Review of Antimicrobial Resistance, « Tackling a crisis for the health and wealth of nations 1 » [PDF],‎ décembre 2014 (consulté le 16 décembre 2014)
↑ (en) « Press notice : Failing to tackle drug-resistant superbugs will cause 10 million extra deaths a year and cost up to $100 trillion » [PDF], sur amr-review.org,‎ 11 décembre 2014 (consulté le 16 décembre 2014)
↑ AFP, « Résistance antibiotique: risque de 10 millions de morts par an en 2050 », Le Parisien,‎ 15 décembre 2014 (lire en ligne)
↑ (en) Haroon Siddique, « Drug-resistant infections could lead to 10 million extra deaths a year : Global leaders urged to act on superbugs that could devastate world's most populous countries such as India and China », The Guardian,‎ 11 décembre 2014 (lire en ligne)
↑ Semaine Vétérinaire n^o 1449 du 6 mai 2011 en pages 30 à 33
↑ Des facteurs aggravants Rapport du Sénat le 22 juin 2006.
↑ La résistance bactérienne aux antibiotiques
↑ Quelle est la prévalence de ces infections ?
1 2 3 4 5 Résapath, [Rapport 2011 du réseau d'épidémiosurveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes animales] (publié en 2012)
↑ Site officiel
↑ Les réseaux de l'ONERBA
↑ Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé Bon usage des antibiotiques - Maîtrise du risque de résistance bactérienne pour des antibiotiques administrés par voie nasale
↑ [www.anses.fr/PN5801.htm ]
↑ Communiqué ANSES sur la 3^e édition de la journée Anses sur l'antibiorésistance en santé animale : des progrès sensibles mais les efforts restent à poursuivre], daté 19 novembre 2012, consulté 5 dec 2012
↑ Anses DGAL (2012), Bulletin épidémiologique santé animale- alimentation Anses DGAL, n^o 53
↑ « Les bactéries résistantes aux antibiotiques » (Note d'analyse 299 - Novembre 2012)
↑ Olivier Frégaville-Arcas « Antibiotiques : le retour » Information Hospitalière, le 19 juin 2013
1 2 Docteur Alain Dublanchet, Des virus pour combattre les infections : la phagothérapie : renouveau d'un traitement au secours des antibiotiques, Lausanne, éd. Favre, 2009, 240 pages. (OCLC 428469349)
↑ « Pherecydes Pharma obtient un financement de la DGA pour le projet PACOBURNS », sur MyPharmaEDITIONS.com,‎ 19 janvier 2012 (consulté le 26 avril 2012)
↑ Brève d’Actualité Pour la science, n^o 405, Juillet 2011, page 7 (Brève non sourcée)

Voir aussi

Bibliographie

Russell AD., Antibiotic and biocide resistance in bacteria: introduction ; J Appl Microbiol. 2002;92 Suppl:1S-3S (Résumé)
(fr) Haut Conseil de la santé publique (2013), Rapport Recommandations pour la prévention de la transmission croisée des « Bactéries Hautement Résistantes aux antibiotiques émergentes (BHRe) publié 2013-07-10
(en) Rapport d'expertise Antimicrobial Resistance: Implications for the Food System, de la Fondation IFT
(en) DG SANCO 02/04/08 (Assessment of the possible effect of the four antimicrobial treatment substances on the emergence of antimicrobial resistance - Scientific Opinion of the Panel on Biological Hazards)

Liens externes

Spectre d'activité des antibiotiques en France, AFSSAPS (agence du médicament)
Le gène de résistance NDM-1

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