Classification biologique

La hi??rarchie de la diversit?? biologique classement de huit grands rangs taxonomiques. Classements interm??diaires mineures ne sont pas repr??sent??s.

Classification biologique, ou le classement scientifique en biologie, est un proc??d?? par lequel biologistes groupe et classer les organismes par Type biologique, tel genre ou esp??ce . Classification biologique est une forme de taxonomie scientifique.

Classification biologique moderne a sa racine dans le travail de Carolus Linnaeus , qui a regroup?? les esp??ces en fonction des caract??ristiques physiques communes. Ces groupes ont depuis ??t?? r??vis?? pour am??liorer la coh??rence avec le darwinienne principe de ascendance commune. Phylog??nie mol??culaire, qui utilise s??quences d'ADN que les donn??es, a entra??n?? de nombreuses r??visions r??centes et est susceptible de continuer ?? le faire. Classification biologique appartient ?? la science de la syst??matique biologiques.

D??finition

La classification a ??t?? d??finie par Mayr comme ??La disposition des entit??s dans une s??rie hi??rarchique de classes imbriqu??es, dans lequel les classes similaires ou connexes ?? un niveau hi??rarchique sont combin??s globalement en classes plus inclusives au niveau sup??rieur." Une classe est d??finie comme ??une collection d'entit??s similaires", o?? la similitude se compose des entit??s ayant des attributs ou des traits en commun. Dans la classification biologique, les ??classes?? sont appel??s ??taxons?? (??taxon?? singulier).

Ce qui rend la classification biologique diff??rent des autres syst??mes de classification (par exemple classer des livres dans une biblioth??que) est l'??volution: la similitude entre les organismes plac??s dans le m??me taxon ne est pas arbitraire, mais est plut??t le r??sultat de la descente partag??e de leur anc??tre commun le plus proche. En cons??quence, les attributs importants ou des traits pour la classification biologique sont ceux qui sont ' homologue ', ce est ?? dire h??rit?? d'anc??tres communs. Ainsi les oiseaux et les chauves-souris ont tous deux la puissance de vol, mais cette similitude ne est pas utilis?? pour les classer dans un taxon, car il ne est pas h??rit?? d'un anc??tre commun. En d??pit de toutes les autres diff??rences entre eux, le fait que les chauves-souris et les baleines fois nourrissent leurs petits sur le lait est l'une des caract??ristiques utilis??es pour classer ?? la fois comme les mammif??res, car il a ??t?? h??rit??e d'un anc??tre commun.

D??terminer si les similitudes sont homologues ou non peut ??tre difficile. Ainsi, jusqu'?? r??cemment, taupes dor??es, trouv??es en Afrique du Sud, ont ??t?? plac??s dans le m??me taxon ( insectivores) que H??misph??re Nord moles , sur la base des similitudes morphologiques et comportementales. Cependant, l'analyse mol??culaire a montr?? qu'ils ne sont pas ??troitement li??s, de sorte que leurs similitudes doivent ??tre en raison de l'??volution convergente et non ?? la descendance commune, et ne devraient donc pas ??tre utilis??s pour les placer dans le m??me taxon.

Rangs taxonomiques

Une classification, tel que d??fini ci-dessus, est n??cessairement hi??rarchique. Dans une classification biologique, le rang est le niveau (la position relative) dans une hi??rarchie. (Rarement, le terme ??cat??gorie taxonomique" est utilis?? ?? la place de ??rang??.) Il ya sept principaux rangs d??finis par l'international codes de la nomenclature: r??gne, embranchement / division, classe, ordre, famille, genre, esp??ce. "Domaine", un niveau sup??rieur royaume, est devenu populaire ces derni??res ann??es, mais n'a pas ??t?? accept?? dans les codes.

Le rang le plus fondamental, ce est que des esp??ces , la prochaine est sup??rieur genre , puis famille. Rangs sont un peu arbritary, mais esp??rent encapsuler la diversit?? contenue dans un groupe - une mesure approximative du nombre de diversifications que le groupe a v??cu.

Le Code international de nomenclature zoologique d??finit rang, dans le sens de nomenclature, comme:

Le niveau, ?? des fins de nomenclature, d'un taxon dans une hi??rarchie taxonomique (par exemple, toutes les familles sont ?? des fins de nomenclature au m??me rang, qui se trouve entre superfamille et sous-famille). Les rangs du groupe de la famille, le groupe du genre, et l' esp??ce groupe ?? laquelle taxons nominale peut ??tre ??tablie sont ??nonc??s dans les articles 10.3, 10.4, 35.1, 42.1 et 45.1.

Il ya peu diff??rents grades pour la zoologie et de botanique, dont les subdivisions telles que tribu.

Les premiers syst??mes

Ancient travers l'??poque m??di??vale

Les syst??mes actuels de classification des formes de vie descendent de la pens??e pr??sent??e par le philosophe grec Aristote , qui a publi?? dans son m??taphysique fonctionne la classification d'abord connu de tout que ce soit, ou ????tre??. Ce est le r??gime qui a donn?? des mots tels que ??substance??, ??esp??ces?? et ??genre?? et a ??t?? retenu sous une forme modifi??e et moins g??n??rale par Linn?? .

Aristote a ??galement ??tudi?? les animaux et les a class??es selon la m??thode de la reproduction, ainsi que Linn?? tard avec des plantes. La classification des animaux d'Aristote a finalement ??t?? rendue obsol??te par des connaissances suppl??mentaires et oubli??.

La classification philosophique est en bref comme suit: substance primaire est l'??tre individuel; par exemple, Peter, Paul, etc. substance secondaire est un pr??dicat qui peut correctement ou caract??ristique dire d'une classe de substances primaires; par exemple, l'homme de Pierre, Paul, etc. La caract??ristique ne doit pas ??tre seulement dans l'individu; par exemple, ??tant homme de grammaire. Comp??tences grammaticales laisse la plupart de Pierre sortir et ne est pas caract??ristique de lui donc. De m??me l'homme (toute l'humanit??) ne est pas Peter; plut??t, il est dans l'homme.

Esp??ces est la substance secondaire qui est plus propre ?? ses individus. La chose la plus caract??ristique qui peut ??tre dit de Pierre, ce est que Peter est un homme. Une identit?? est postul??: ??homme?? est ??gal ?? toutes ses personnes et seules les personnes. Les membres d'une esp??ce ne diff??rent que nombreuses mais sont tout ?? fait du m??me type.

Genre est une substance secondaire moins caract??ristique de et plus g??n??rale que les esp??ces; par exemple, l'homme est un animal, mais pas tous les animaux sont des hommes. Il est clair que un genre contient des esp??ces. Il n'y a pas de limite au nombre de genres aristot??liciennes qui pourraient ??tre trouv??s pour contenir les esp??ces. Aristote ne structure pas les genres dans embranchement, classe, etc., que la classification de Linn?? fait.

La substance secondaire qui distingue une esp??ce d'une autre dans un genre est la diff??rence sp??cifique. L'homme ne peut donc ??tre compris comme la somme des diff??rences sp??cifiques (la ??diff??rentiation?? de la biologie) dans les cat??gories de moins en moins g??n??raux. Cette somme est la d??finition; par exemple, l'homme est un ??tre anim??, substance rationnelle sensate. La d??finition la plus caract??ristique contient les esp??ces et la prochaine genre le plus g??n??ral: l'homme est un animal raisonnable. D??finition repose donc sur le probl??me de l'unit??: l'esp??ce est, mais on a encore beaucoup de diff??rentiation.

Les tout premiers genres sont les cat??gories. Il ya dix: une question de fond et neuf des ??accidents??, universaux qui doit ??tre "dans" une substance. Substances existent par eux-m??mes; accidents ne sont en eux: quantit??, qualit??, etc. Il ya la cat??gorie ne est pas sup??rieur, ????tre??, en raison du probl??me suivant, qui n'a ??t?? r??solu dans les Moyen Age par Thomas d'Aquin : une diff??rence sp??cifique ne est pas caract??ristique de son genre. Si l'homme est un animal raisonnable, alors la rationalit?? ne est pas une propri??t?? des animaux. Substance ne peut donc pas ??tre une sorte d'??tre car elle peut avoir aucune diff??rence sp??cifique, qui devrait ??tre non -??tre.

Le probl??me d'??tre occup?? l'attention des scolastiques pendant le temps du Moyen Age. La solution de St. Thomas, appel?? l'analogie de l'??tre, a cr???? le domaine de la ontologie, qui a re??u la plus grande partie de la publicit?? et a ??galement attir?? la ligne entre la philosophie et la science exp??rimentale. Ce dernier a augment?? dans la Renaissance de la technique pratique. Linnaeus, un ??rudit classique, combin?? les deux sur le seuil de la renaissance n??o-classique maintenant appel?? le si??cle des Lumi??res .

Renaissance par ??ge de raison

Une avanc??e importante a ??t?? faite par le professeur suisse, Conrad von Gesner (1516-1565). Le travail de Gesner ??tait une compilation critique de la vie connu ?? l'??poque.

L'exploration des parties de la Nouveau Monde par les Europ??ens a produit un grand nombre de nouvelles plantes et les animaux qui devaient descriptions et classification. Les anciens syst??mes, il ??tait difficile d'??tudier et de localiser tous ces nouveaux sp??cimens dans une collection et souvent les m??mes plantes ou animaux ont re??u des noms diff??rents tout simplement parce qu'il y avait trop d'esp??ces ?? garder la trace. Il fallait un syst??me qui pourrait regrouper ces sp??cimens ensemble afin qu'ils pourraient ??tre trouv??es; le syst??me binomial a ??t?? ??labor?? en fonction de morphologie avec des groupes ayant les apparences similaires. Dans la derni??re partie du 16e si??cle et au d??but du 17e, une ??tude attentive des animaux a commenc??, qui, dirig?? premier ?? types familiers, a ??t?? progressivement ??tendue jusqu'?? former un corps de connaissances suffisant pour servir une base anatomique pour la classification. Les progr??s dans l'utilisation de ces connaissances pour classer les ??tres vivants ont une dette de recherche de anatomistes m??dicaux, tels que Fabricius (1537-1619), Petrus S??verin (1580-1656), William Harvey (1578-1657), et Edward Tyson (1649-1708). Les progr??s de la classification due au travail de entomologistes et le premier microscopistes est due ?? la recherche de gens comme Marcello Malpighi (1628-1694), Jan Swammerdam (1637-1680), et Robert Hooke (1635-1702). Seigneur Monboddo (1714-1799) ??tait l'un des penseurs abstraits premi??res dont les ??uvres illustrent connaissance des relations d'esp??ces et qui pr??figurait la th??orie de l'??volution ..

Premiers m??thodistes

Depuis la fin du 15??me si??cle, un certain nombre d'auteurs ??tait devenu soucieux de ce qu'ils appelaient methodus, (m??thode). Par la m??thode auteurs entendent un arrangement de min??raux, les plantes et les animaux selon les principes de la division logique. Les m??thodistes terme a ??t?? invent?? par Carolus Linnaeus dans son Bibliotheca Botanica pour d??signer les auteurs qui se soucient les principes de classement (?? la diff??rence des simples collectionneurs qui portent essentiellement sur la description des plantes payer peu ou pas d'attention ?? leur disposition en genres, etc.). Premiers m??thodistes importants ??taient italienne philosophe, m??decin et botaniste Andrea Caesalpino, naturaliste anglais John Ray, m??decin et botaniste allemand Augustus Quirinus Rivinus, et en fran??ais m??decin, botaniste et voyageur Joseph Pitton de Tournefort.

Andrea Caesalpino (1519-1603) dans son De plantis libri XVI (1583) a propos?? le premier arrangement m??thodique de plantes. Sur la base de la structure de tronc et il a divis?? la fructification des plantes en quinze genres "sup??rieurs".

John Ray (1627-1705) ??tait un naturaliste anglais qui a publi?? d'importants travaux sur les plantes, les animaux et la th??ologie naturelle. L'approche qu'il a pris pour la classification des plantes dans son Histoire des plantes est une ??tape importante vers la taxonomie moderne. Ray a rejet?? le syst??me de la division dichotomique par lequel les esp??ces ont ??t?? class??es selon une, soit / ou d'un syst??me de type pr??-con??u, et au lieu class??s plantes selon les similitudes et les diff??rences qui ont ??merg?? de l'observation.

Les deux Caesalpino et Ray utilisaient des noms de plantes traditionnelles et donc, le nom d'une plante ne refl??tent pas sa position taxonomique (par exemple, m??me si la pomme et de la p??che appartenait ?? diff??rents genres "sup??rieurs" de la methodus de John Ray, ?? la fois retenu leurs noms traditionnels et Malus Malus Persica respectivement). Une autre ??tape a ??t?? franchie par Rivinus et Pitton de Tournefort qui a fait genre un rang distinct au sein de la hi??rarchie taxonomique et introduit la pratique de nommer les plantes selon leurs genres.

Augustus Quirinus Rivinus (1652-1723), dans sa classification des plantes bas??s sur les personnages de la fleur , introduit la cat??gorie des afin (correspondant aux genres ??sup??rieur?? de John Ray et Andrea Caesalpino). Il fut le premier ?? abolir l'ancienne division de plantes en des herbes et des arbres et ont insist?? pour que la vraie m??thode de la division devrait ??tre bas??e sur les parties du fructification seul. Rivinus largement utilis?? cl??s dichotomiques pour d??finir les deux ordres et des genres. Sa m??thode de nommer les esp??ces v??g??tales ressemblait ?? celle de Joseph Pitton de Tournefort. Les noms de toutes les plantes appartenant au m??me genre devraient commencer avec le m??me mot (nom g??n??rique). Dans les genres contenant plus d'une esp??ce de la premi??re esp??ce a ??t?? nomm?? avec le nom g??n??rique seulement, tandis que le deuxi??me, etc., ont ??t?? nomm??s avec une combinaison du nom g??n??rique et un modificateur (differentia fascicule).

Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708) introduit une hi??rarchie encore plus sophistiqu??e de la classe, section, genre et esp??ces. Il ??tait le premier ?? utiliser syst??matiquement les noms des esp??ces uniform??ment compos??s qui consistaient d'un nom g??n??rique et un diagnostic phrase differentia specifica nombre libell??e. Contrairement Rivinus, il a utilis?? differentiae avec toutes les esp??ces de genres polytypique.

Linn??

Carolus Linnaeus grande ??uvre de la Systema Naturae (1re ??d. 1735), a couru ?? travers douze ??ditions de son vivant. Dans ce travail, la nature a ??t?? divis??e en trois royaumes: min??ral, v??g??tal et animal. Linnaeus utilis?? cinq grades: classe, ordre, genre, esp??ce et vari??t??.

Il a abandonn?? longs noms descriptifs de classes et les ordres et les noms g??n??riques de deux mots (par exemple, Trifolium repens) encore utilis?? par ses pr??d??cesseurs imm??diats (Rivinus et Pitton de Tournefort) et les remplacer par des noms d'un seul mot, ?? condition genres avec diagnostics d??taill??s (caracteres de naturales), et r??duit de nombreuses vari??t??s ?? leur esp??ce, sauvant ainsi la botanique du chaos de nouvelles formes produites par horticulteurs.

Linnaeus est surtout connu pour son introduction de la m??thode encore utilis??e pour formuler le nom scientifique de chaque esp??ce. Avant de Linn??, de nombreux longs-r??dig?? noms (compos??es d'un nom g??n??rique et un differentia specifica) avaient ??t?? utilis??s, mais que ces noms ont donn?? une description de l'esp??ce, ils ne ont pas ??t?? fix??e. Dans sa Philosophia Botanica (1751) Linnaeus a pris tous les efforts pour am??liorer la composition et de r??duire la longueur des noms de nombreux-r??dig?? par l'abolition de la rh??torique inutiles, l'introduction de nouveaux termes descriptifs et la d??finition de leur sens avec une pr??cision sans pr??c??dent. ?? la fin des ann??es 1740 Linnaeus a commenc?? ?? utiliser un syst??me parall??le de nommer les esp??ces avec nomina trivialia. Nomen triviale, un nom trivial, est une ??pith??te ?? un ou deux mots plac??s sur la marge de la page suivante pour les nombreux non formul??e "scientifique" nom. Les seules r??gles qui leur sont appliqu??es Linnaeus ??tait que les noms triviaux doivent ??tre courts, unique dans un genre donn??, et qu'ils ne devraient pas ??tre modifi??s. Linnaeus appliqu??e uniform??ment trivialia de nomina aux esp??ces de plantes Species Plantarum (1??re ??d. 1753) et les esp??ces d'animaux dans le 10e ??dition du Systema Naturae (1758).

En utilisant r??guli??rement ces ??pith??tes sp??cifiques, Linnaeus s??par?? nomenclature de la taxonomie. M??me si l'utilisation parall??le de nomina trivialia et bien-r??dig?? noms descriptifs a continu?? jusqu'?? la fin du XVIIIe si??cle, elle a ??t?? progressivement remplac?? par la pratique d'utiliser des noms propres courts combin??s du nom g??n??rique et le nom trivial de l'esp??ce. Au XIXe si??cle, cette nouvelle pratique a ??t?? codifi??e dans les premi??res r??gles et lois de la nomenclature et la 1??re ??d. des esp??ces Plantarum et le 10e ??d. de Systema Naturae ont ??t?? choisis comme points de d??part pour la botanique et zoologique nomenclature respectivement. Cette convention de d??nomination des esp??ces est appel??e nomenclature binomiale .

Aujourd'hui, la nomenclature est r??gie par codes de la nomenclature, ce qui permet noms divis??s en rangs taxonomiques.

Syst??me moderne

Consid??rant que Linnaeus class??s pour faciliter l'identification, l'id??e de la taxonomie de Linn?? que traduire en une sorte de dendrogramme de l' animal - et Plante Royaumes a ??t?? formul??e vers la fin du 18??me si??cle, bien avant l' Sur l'origine des esp??ces a ??t?? publi??. Parmi les premi??res ??uvres qui explorent l'id??e d'un transformation des esp??ces ??tait Erasmus Darwin 1796 Zoonomia et Philosophie Zoologique de Jean-Baptiste Lamarck de 1809. L'id??e a ??t?? popularis?? dans le monde anglophone par la sp??culation, mais largement lu Vestiges de l'histoire naturelle de la Cr??ation, publi??es anonymement par Robert Chambers en 1844.

Avec la th??orie de Darwin, une acceptation g??n??rale que la classification devrait refl??ter le principe darwinien de ascendance commune est vite apparue. Arbre de repr??sentations de la vie est devenu populaire dans les ouvrages scientifiques, avec des groupes de fossiles connus incorpor??s. L'un des premiers groupes de fossiles d'??tre li?? ?? un groupe existant ??tait dinosaures , formellement nomm??s par Richard Owen en 1842. En utilisant les fossiles alors nouvellement d??couvertes de Archaeopteryx et Hesperornis, Thomas Henry Huxley prononcer les oiseaux descendants des dinosaures. La description qui en r??sulte, que des dinosaures "donnant lieu ??" ou d'??tre "les anc??tres des?? oiseaux, est la marque essentielle de pens??e taxonomique ??volutif. Comme de plus en plus de groupes de fossiles ont ??t?? trouv??s et reconnus dans la fin du 19e et d??but du 20e si??cle, les pal??ontologues ont travaill?? pour comprendre l'histoire des animaux ?? travers les ??ges par des groupes de liaison ainsi connu avec le la synth??se ??volutionniste moderne du d??but des ann??es 1940, une compr??hension essentiellement moderne de l'??volution des grands groupes ??tait en place. La taxonomie de l'??volution ??tant bas??e sur les rangs taxonomiques de Linn??, les deux termes sont largement interchangeables dans l'usage moderne.

Depuis les ann??es 1960, une tendance appel??e taxinomie cladistique (ou cladistics ou cladism) a vu le jour, l'organisation taxons dans un hi??rarchique arbre de l'??volution, en ignorant rangs. Si un taxon comprend tous les descendants d'une forme ancestrale, il est appel?? monophyl??tique. Les groupes qui ont des groupes descendants retir??s d'eux (par exemple, des dinosaures , avec les oiseaux que le groupe de descendants) sont appel??s paraphyletic, tandis que les groupes repr??sentant plus d'une succursale de la arbre de vie (sciences) sont appel??s polyphyl??tique. Un code de la nomenclature officielle, le Code international de Classification phylog??n??tique, ou PhyloCode pour faire court, est actuellement en cours de d??veloppement, destin??e ?? traiter avec des noms de clades. Rangs linn??ennes seront facultatives sous la PhyloCode, qui est destin?? ?? coexister avec les codes actuels, fond??es sur le grade.

Royaumes et domaines

De bien avant Linn??, les plantes et les animaux ont ??t?? consid??r??es comme s??par??es Royaumes. Linnaeus utilis?? cela comme le premier rang, divisant le monde physique dans les royaumes v??g??tales, animales et min??rales. Les progr??s de la microscopie fait classification des micro-organismes possibles, le nombre de royaumes augment??, cinq et six-uni syst??mes ??tant le plus commun.

Les domaines sont un ph??nom??ne relativement nouveau groupement. Le Classification phylog??n??tique a ??t?? invent?? en 1990, mais pas g??n??ralement admis que plus tard. La majorit?? des biologistes utilisent le syst??me 5-Uni, mais une importante minorit?? utiliser le syst??me 3 de domaine. Une caract??ristique principale du proc??d?? ?? trois domaines est la s??paration de Archaea et bact??ries , auparavant regroup??es dans les bact??ries du royaume simples (un royaume aussi parfois appel?? Monera). Par cons??quent, les trois domaines de la vie sont conceptualis??s comme des Archaea, Bact??ries et Eucaryotes (comprenant le eucaryotes noyaux portant). Une petite minorit?? de scientifiques ajouter Archaea que sixi??me royaume, mais ne accepte pas la m??thode de domaine.

Thomas Cavalier-Smith, qui a publi?? de nombreux ouvrages sur la classification des protistes, a r??cemment propos?? que le Neomura, le clade qui regroupe les Archaea et Eukarya , aurait ??volu?? ?? partir de bact??ries , plus pr??cis??ment de Actinobacteria. Son classement de 2004 traite les arch??obact??ries dans le cadre d'une sous-r??gne des bact??ries Uni, ce est ?? dire qu'il rejette la Classification phylog??n??tique enti??rement.

Identificateurs mondialement uniques pour noms

Il ya un mouvement au sein de la biodiversit?? informatique communaut?? pour fournir Identificateurs uniques dans la forme de Life Science Identifiers (LSID) pour tous les noms biologiques. Cela permettrait aux auteurs de citer des noms sans ambigu??t?? dans les m??dias ??lectroniques et de r??duire l'importance des erreurs dans l'orthographe des noms ou l'abr??viation des noms d'autorit??. Trois grandes bases de donn??es de nomenclature (appel??s nomenclateurs) ont d??j?? commenc?? ce processus, ce sont Index Fungorum, Indice noms International Plant et ZooBank. Autres bases de donn??es, qui publient des donn??es taxonomiques plut??t que de nomenclature, ont ??galement commenc?? ?? utiliser LSIDs ?? identifier les taxons. L'exemple cl?? de ceci est Catalogue of Life. La prochaine ??tape dans l'int??gration sera quand ces bases de donn??es taxonomiques incluent des r??f??rences aux bases de donn??es de nomenclature ?? l'aide LSIDs.