Marca de seqüència expressada
De Viquipèdia
Una marca de seqüència expressada, també anomenada EST (acrònim de l'anglès expressed sequence tag), és un petit fragment de la seqüència d'un nucleòtid transcrit i processat, ja sigui un trànscrit codificador de proteïna o no. Com que aquests clons consisteixen en ADN que és complementari al ARNm, els EST representen porcions de gens expressats, i solen aparèixer a les bases de dades com ADNc o ARNm.
[edita] Obtenció i localització dels EST
Els EST s'obtenen per un procés de seqüenciació a l'engròs, en el qual se seqüencien alguns centenars de bases d'un dels extrems d'un ADNc provinent d'uan llibreria de ADNc. La seqüència resultant és un fragment d'entre 500 i 800 nucleòtids i de relativa baixa qualitat.
Els EST es poden localitzar a una determinada part del cromosoma utilitzant tècniques físiques de localització gènica, p. e. la tècnica FISH. Aixi mateix, si el genoma de l'organisme que ha generat el EST està seqüenciat, es pot localitzar la posició fent un alineament de la seqüència del EST amb el genoma.
[edita] Ús dels EST
Els EST s'han utilitzat per a la identificació de transcrits gènics i són una eina fonamental en el descubriment de nous gens i en la determinació de seqüències gèniques. La seqüenciació d'EST ha augmentat ràpidament en els últims anys, i actualment hi ha més de 43 milions de EST descrits i disponibles a les bases de dades públiques¹.
El conjunt de gens definits per a l'espècie humana inclou la presència de milers de gens descrits únicament amb l'evidència experimental dels EST. En aquest aspecte, els EST esdevenen una eina molt útil per refinar la predicció dels trànscrits d'aquests gens i, inclús, de la seva funció. Així mateix, el teixit, l'òrgan o l'estat funcional de l'organisme (p. e. càncer) en la qual s'obtenen aquests EST dóna informació d'on i com pot actuar el gen en qüestió. A part de la predicció de trànscrits, els EST contenen informació suficient per dissenyar sondes per ser utilitzades en mètodes de determinació d'expressió gènica.
