Interactòmica
De Viquipèdia
La Interactòmica la ciencia que estudia l’interactoma, tot el conjunt d’interaccions entre molècules dins la cèl•lula. Dins de la proteòmica proteòmica, es refereix a les interaccions proteïna proteïna.
Taula de continguts |
[edita] Metodes per mapejar l’interactoma
Els mètodes experimentals que s’han dissenyat per a estudiar l’interactoma són 1) afinitat per purificació, serveix per identificar complexes de proteïnes i 2) doble híbrids de llevat (yeast two hybrid (Y2H), s’utilitza per identificar massivament interacciones entre proteïnes.
Existeix un gran esforç per a escriure un mapa de l’interactome d’èssers eucariotes. S’han creat des de el 2006 Llevat, mosca, nematodes i humà.
[edita] Bases de dades d’interactomes
- APID - Agile Protein Interaction DataAnalyzer APID és una eïna bioinformàtica que integra i unifica les interaccions proteína proteïna més conegudes.
- Database of interacting protein (DIP) (Xenarios et al. 2000)
- GRID database
- MIPS database
- PSIMAP database: La primera base dades d’un interactome de proteïnes estructurals
- InterPare database: una base de dades d’un interfaseoma de proterïnes estructurals
- Biomolecular Interaction Network Database (BIND) (Bader et al, 2003)
- Online Predicted Human Interaction Database (OPHID) (Brown and Jurisica, 2005)
- Human Protein Reference Database (HPRD) (Peri, S. et al, 2003)
- Himap(Human Interactome Map)
- HPID
- MINT
- PINdb
- IntAct - The Molecular Interaction Database
[edita] enllaços externs
- PSIbase Database. A global interactome DB based on PSIMAP
- Interactome.org. A dedicated interactome web site.
[edita] Referències
- Bader GD, et al. (2003) BIND: The Biomolecular interaction Network Database. Nucleic Acids Res., 31, 248-50.
- Brown KR, Jurisica I. (2005) Online Predicted Human Interaction Database. Bioinformatics, 21(9): 2076-82.
- Xenarios I, Rice DW, Salwinski L, Baron MK, Marcotte EM, Eisenberg D. (2000) DIP: the database of interacting proteins. Nucleic Acids Res. 28: 289-91.
- Peri S., Navarro JD, Amanchy R, Kristiansen TZ, Jonnalagadda CK, et al. (2003) Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans. Genome Res 13:2363-71.
- Park J, Lappe M, Teichmann SA. (2001) Mapping protein family interactions: intramolecular and intermolecular protein family interaction repertoires in the PDB and yeast. J Mol Biol. 2001 Mar 30;307(3):929-38.
